La numérisation du plus grand herbier du monde dont la constitution remonte à plus de 350 ans ouvre de nouveaux horizons de recherche.

Sous sa forme actuelle, le Muséum national d’histoire naturelle a été fondé le 10 juin 1793 par décret de la Convention, mais son histoire est en fait bien plus ancienne. En effet, en 1635, l’un des médecins du roi, Guy de La Brosse, persuade Louis XIII de créer à Paris un « jardin de plantes médicinales ». Ce jardin devait servir d’une part, à la culture, la conservation, l’étude et l’utilisation des plantes utiles à la santé, et d’autre part, à l’enseignement de la botanique, de la chimie et de l’anatomie, à destination des futurs médecins et apothicaires. Des noms aussi prestigieux que Tournefort, Jussieu (Antoine, Bernard et Antoine Laurent), Lamarck, Bougainville sont attachés à l’histoire de cette institution.

En plus de 350 ans d’histoire, cette institution a constitué une collection de plantes et de fleurs ayant peu d’égales dans le monde. La collection regroupe un herbier regroupant quelque 6 millions d’espèces sous différentes formes, préservées dans l’alcool (alcoothèque), fruits et graines sechés (carpothèque), différentes sortes de bois (xylothèque), pollens (Palynothèque), échantillons histologiques (histothèque), échantillon divers (silicalothèque).

La rénovation de l’Herbier national du Muséum, chantier titanesque a donc permis de rénover les collections et les installations du plus grand herbier du monde. Mais elle a surtout été lancé la numérisation et la mise à disposition en ligne des images de plus de ces 6 millions de planches d’herbiers. C’est une équipe mixte du CNRS, d’Université Pierre et Marie Curie et de l’Ecole Pratique des Hautes Etudes qui a lancé ce projet pharaonique.

L’Herbier national du Muséum contient environ 8 millions de spécimens, arrivés du monde entier au fil des siècles et des expéditions, ce qui en fait la collection botanique et fongique la plus importante au monde. Cette dernière a pour ambition de rassembler l’ensemble des espèces de plantes, lichens, algues et champignons que porte la planète ; elle est le résultat de plus de 350 ans d’activité botanique, depuis la création du Jardin royal des plantes médicinales.

Entre 2008 et 2012, l’Herbier national a été complètement rénové, processus qui a inclus une restauration du bâtiment et un reclassement systématique des spécimens. Près d’un million d’échantillons de la collection de plantes vasculaires (plantes à fleurs, conifères, fougères…) a été restauré à cette occasion. Celle-ci compte à elle seule environ 6 millions de spécimens et couvre environ 47% de la flore mondiale avec une représentation historique remarquable. Il est a noté que plus de 40% des échantillons ont été récoltés avant 1900.

Conjointement à la rénovation de l’Herbier, une importante opération de numérisation des spécimens de la collection a été entreprise : 5 400 000 spécimens de plantes vasculaires[1] ont été numérisés, soit 90% du volume estimé de ce groupe conservé au Muséum.

Selon un article qui vient d’être publié dans la revue Scientific Data (The French Muséum national d’histoire naturelle vascular plant herbarium collection dataset), décrit le jeu de données ainsi généré pour les plantes vasculaires, mais également les processus complexes qui ont conduit à sa constitution.

Chaque spécimen de cette collection scientifique doit être accompagné d’un certain nombre d’informations indispensables sur la plante conservée : son lieu de récolte précis (allant du pays ou d’une région jusqu’aux coordonnées GPS), son collecteur et sa date de récolte. D’autres informations sur le milieu, les noms vernaculaires ou les usages locaux de ces plantes peuvent éventuellement être renseignés. L’observation du spécimen fournit les autres informations (forme des feuilles, fleurs, fruits, etc.). Un outil de sciences participatives développé au MNHN, les Herbonautes (lesherbonautes.mnhn.fr), contribue à l’enrichissement en continu des données non encore renseignées.

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[1] Les plantes vasculaires, comme leur nom l’indique, sont pourvues de vaisseaux par lesquels circule l’eau puisée par les racines. Cette circulation de l’eau, combinée à la structure de la paroi cellulaire, permettent aux plantes vasculaires d’atteindre de grandes dimensions.